Nacido el 13 de septiembre de 1939 en Brooklyn (Nueva York), de padre judío y madre católica, sus padres se divorciaron cuando era joven debido a sus irreconcialiables diferencias religiosas. Trabajó como fotógrafo de guerra entre 1961 y 1964 en la Guerra de Vietnam. En 1967 decidió trabajar como fotógrafo freelance y se convirtió en el fotógrafo oficial de City Walls Inc. Estudió después escultura en la Cooper School Of Fine Arts de Brooklyn donde consiguió un título en artes en 1974. Después de que la Universidad de Columbia le concediera una beca terminó sus estudios en la Universidad de Nuevo Mexico en Albuquerque donde consiguió su Master en Bellas Artes.

Según el propio Witkin su particular visión y sensibilidad provienen de un episodio que presenció siendo pequeño, un accidente automovilístico en el que una niña resultó decapitada. También cita las dificultades en su familia como una influencia. Su artista favorito y gran influencia es el Giotto.

Sus fotos suelen involucrar temas y cosas tales como muerte, sexo, cadáveres (o partes de ellos) y personas marginales como enanos, transexuales, hermafroditas o gente con deformaciones físicas. Sus complejos tableauxs a menudo evocan pasajes bíblicos o pinturas famosas. Esta naturaleza transgresora de su arte ha consternado a la opción pública en repetidas ocasiones y ha provocado que lo acusen de explotador y que haya sido marginalizado como artista en diversas ocasiones.

Su acercamiento al proceso físico de la fotografía es altamente intuitivo que incluye manchar o rayar el negativo y una técnica de impresión con las manos en los químicos. Esta experimentación comenzó luego de ver un ambrotipo del siglo XIX de una mujer y su amante quien había sido arrancado.

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